Имеет ли право работодатель сделать дисциплинарное взыскание?

Вполне правомерно. директор имеет полное право разбираться на каком основании его распоряжения не выполняются, на то он и директор — руководитель организации, которому все работники, в т. ч. и ваш начальник, обязаны подчиняться. или ваш начальник по статусу выше директора предприятия? чтобы дисциплинарное взыскание применить надо сначала с вас объяснительную взять. если у вас в трудовом договоре прописано, что вы только своему непосредственному руководителю подчиняетесь и никому более, то так в объяснительной и напишите: исполняла распоряжение своего непосредственного руководителя, который запретил мне участие в рабочей группе.
а то, что в рабочую группу включили работников не имеющих отношение ни к проведенной инвентаризации, ни к складу — это, вообще-то, нормально. подобные проверки и должны проводится незаинтересованными лицами.