Прописка ребенка к отцу с ВНЖ

С рождения ребенок был прописан в квартире с отцом( гражданином Украины с ВНЖ) отец был собственником этой квартиры. Сейчас квартиру продали, хотели прописать ребенка ( 3 года) и отца опять вместе в квартире, собственницей которой является мать, в паспортном столе отказали в прописке, сославшись на семейный кодекс,который запрещает прописывать детей с родителями- гражданами другой страны. Сказали,что с роджения ребенка ее прописка с отцом была незаконна.Это действительно так?