Продажа квартиры менее 3-ех лет собственности

Вы заблуждаетесь относительно размера налогооблагаемой базы.
не вычитают из стоимости проданной квартиры стоимость другой купленной квартиры или наоборот, чтобы определить налогооблагаемую базу при продаже квартиры.
лучше напишите- добавьте инфы- квартиру за 3,3 млн. кот. продаете в собственность приобрели по возмездной сделке? если да, то за сколько- по договору и финдокам. эта инфа важна, чтобы применить налог. вычет на сумму расходов по приобретению продаваемой квартиры.
если квартиру продаваемую не покупали, то только стандарт. налог. вычет 1 млн. руб. можете применить, следовательно налогоблаг. база будет в этом случае 2,3 млн, и конкретно 13% ндфл это 299 тыс. руб.

возврат ндфл при покупке возможен максим. с 2 млн. т. е. 260 тыс. руб, и право это однократное, можно и им воспользоваться, если ранее еще не пользовались. и работаете и платите ндфл по ставке 13%.
если продадите одну квартиру и купите другую в одном налог. периоде. например в 15 году, то в 16 году подадите налог. декларацию о доходах за 15 год, доход 3,3 млн и заявите стандарт. налог. вычет 1 млн. и налогоблаг. база 2,3 млн и самост. исчислите к уплате ндфл- 299 тыс. руб. одновременно подадите заявление на возврат ндфл при покупке др. квартиры (и договор приложить и финдоки), и заявите взаимозачет. в итоге вам к оплате на один налог. период 299 тыс. руб, а к возврату 260 тыс. руб., 299 тыс. — 260 тыс= 39 тыс. руб вам к оплате ндфл останется, кот. и оплатите.
———————
неважно в каких регионах квартиры.
важно где вы на учете в налоговой будете состоять на дату обязанности подать декларацию о доходах