Трудовые книжки

А перевод-то куда? Если на другое предприятие, то это практически и есть увольнение в связи с переводом к другому работодателю. Возможно, приказ был составлен не очень грамотно. Вы пригласите этого товарища с его второй трудовой книжкой, сопоставьте там записи в первой книжкой, чтобы не было расхождений. То, что ваше предприятие переименовывалось — не страшно, об этом вы можете выдать ему справку. А запись об увольнении переводом внести на основании нового приказа, в котором распишите обоснование издания этого приказа. Ситуация у вас нестандартная, и в законе про такие случаи не расписано, поскольку закон рассчитан на то, что его условия будут соблюдаться, всё должно делаться вовремя. Поэтому я бы вам предложила такой вариант. Вы выясняете с этим товарищем и с его второй книжкой, как он расстался с вашим предприятием. Потом предлагаете ему написать заявление о том, чтобы работодатель вписал ему в трудовую запись о его увольнении. Вы это заявление рассматриваете, принимаете решение о том, чтобы произвести запись, издаёте по этому поводу приказ соответствующий, и делаете запись в первую трудовую.
Но посоветуйтесь ещё в другом месте по вашему вопросу, как лучше сделать, чтобы ПФ потом не придирался к его трудовой.