Стоит ли писать заявление в полицию, т к я оказалась жертвой мошенника, если у самой бизнес нелегальный?

Создание сайта вы заказывали как физ. лицо. соответственно и взаимоотношения по заказу с исполнителями только от физ. лица. ваш бизнес здесь не фигурирует.
однако сами знаете кто работает в полиции сегодня, вы им будете интереснее не как потерпевшая, а как дойная корова. в лучшем случае просто скажут, что дежурного на месте нет, будет часа через 2.
а вообще это дело для суда — предоплату взяли и заказ не выполнили.
но только доказывать все нужно будет вам.
скорее всего суд будет на их стороне — они в системе