Нужно ли писать заявление об увольнении

Я работаю в районной администрации, в марте решением сессии отдел культуры наделили правом юридического лица. Работников за 2 месяца не предупредили, а когда отдел зарегистрировался в налоговой, сказали писать заявление об увольнении, но в таком случае работники страдают и в финансовом плане и отпускной период будет считаться с начала. Подскажите, пожалуйста, как выйти из сложившейся ситуации с минимальными потерями?