Магазин хочет сделать крупный подарок государственному учреждению, как это оформить??? является ли это благотворительностью???

Думаю, что да. Если вы не берёте денег — то это безвозмездная передача имущества. Хотя благотворительность от дарения всё-таки отличается. При благотворительности есть льгота по налогообложению и возможность проверить, как используется переданное на благотворительность имущество (Федеральный закон от 11 августа 1995 г. N 135-ФЗ «О благотворительной деятельности и благотворительных организациях»). Но вы всё-таки проверьте по указанному закону — подпадает ли ваш подарок под благотворительность. Если нет — тогда оформляйте как договор дарения.