Как посчитать НДФЛ

Доброе утро! Подскажите, сотрудник работал с начала года в нашем ДС, в мае уволился, а вдекабре опять устроился на ту же должность, программа автоматически пересчитывает ему НДФЛ и за все не отработанные им месяцы ставит вычеты на детей, в итоге получается что НДФЛ ставит с «-«, это правильно??? ведь по другому месту работы ему предоставлялись эти вычеты за эти месяца, это ошибка программы или так и должно быть???? Заранее спасибо!