Должны ли у мужа высчитывать подоходный налог

Должны.Просто — с суммы после вычета.

НК РФ.

«Статья 218. Стандартные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих стандартных налоговых вычетов:

4) налоговый вычет за каждый месяц налогового периода распространяется на родителя, супруга (супругу) родителя, усыновителя, опекуна, попечителя, приемного родителя, супруга (супругу) приемного родителя, на обеспечении которых находится ребенок, в следующих размерах:
с 1 января по 31 декабря 2011 года включительно:
1 000 рублей — на первого ребенка;
1 000 рублей — на второго ребенка;
3 000 рублей — на третьего и каждого последующего ребенка;
3 000 рублей — на каждого ребенка в случае, если ребенок в возрасте до 18 лет является ребенком-инвалидом, или учащегося очной формы обучения, аспиранта, ординатора, интерна, студента в возрасте до 24 лет, если он является инвалидом I или II группы;
с 1 января 2012 года:
1 400 рублей — на первого ребенка;
1 400 рублей — на второго ребенка;
3 000 рублей — на третьего и каждого последующего ребенка;
3 000 рублей — на каждого ребенка в случае, если ребенок в возрасте до 18 лет является ребенком-инвалидом, или учащегося очной формы обучения, аспиранта, ординатора, интерна, студента в возрасте до 24 лет, если он является инвалидом I или II группы.
Налоговый вычет производится на каждого ребенка в возрасте до 18 лет, а также на каждого учащегося очной формы обучения, аспиранта, ординатора, интерна, студента, курсанта в возрасте до 24 лет.
Налоговый вычет предоставляется в двойном размере единственному родителю (приемному родителю), усыновителю, опекуну, попечителю. Предоставление указанного налогового вычета единственному родителю прекращается с месяца, следующего за месяцем вступления его в брак.
Налоговый вычет предоставляется родителям, супругу (супруге) родителя, усыновителям, опекунам, попечителям, приемным родителям, супругу (супруге) приемного родителя на основании их письменных заявлений и документов, подтверждающих право на данный налоговый вычет.
При этом физическим лицам, у которых ребенок (дети) находится (находятся) за пределами Российской Федерации, налоговый вычет предоставляется на основании документов, заверенных компетентными органами государства, в котором проживает (проживают) ребенок (дети).
Налоговый вычет может предоставляться в двойном размере одному из родителей (приемных родителей) по их выбору на основании заявления об отказе одного из родителей (приемных родителей) от получения налогового вычета».