Могу ли я не пройти ежегодную медицинскую комиссию

Если болезнь мешает работе, то могут и отстранить. Это даже обязанность работодателя, если он заботится о вашей безопасности. Но при этом вам обязаны предложить другую любую имеющуюся работу, которая годится вам по состоянию вашего здоровья.
А вообще можно также проверить, не состоит ли ваша болезнь в причинно-следственной связи с работой, которую вы исполняли. Тогда в соответствии с Федеральным законом от 24 июля 1998 г. N 125-ФЗ «Об обязательном социальном страховании от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний» вам при переводе вас на нижеоплачиваемую работу положены будут доплаты до среднего заработка. Почитайте закон.